Tras comenzar, incipientemente, como parte de actividades extraprogramáticas del colegio San Agustín en la comuna de Ñuñoa, en 1987 ingresó a la competencia metropolitana formando parte de la Asociación Universidad Católica.
Aprovechando su crecimiento como institución –aportado, en gran parte, por el proceso que ha encabezado en los últimos años el ex internacional Osvaldo Rodríguez-, el club San Agustín pasó a oficiar de local en la cancha techada ubicada en el Campus Defder de la Universidad Metropolitana.